Мачта плохо прогнулась в районе гика, из-за этого латы зашли за мачту. Или недобил по мачте, или (скорее всего) мачта не очень подходит к этому парусу. Что за мачта хоть?

А так ничего криминального. Попробуй еще по мачте набить пару см. Если латы начнут уходить куда надо - тогда надо поэкспериментировать с набивкой. Все паруса шьют вручную, поэтому не существует одинаковых парусов вообще, несоответствие 3-4 см. по набивкам вполне нормально. Еще момент, что когда парус наполнится ветром он примет более правильную форму, чем когда просто на берегу лежит.

Еще если по гику набить парус вытягивается, но мне кажется это не тот случай.

Складки на латах это мелочи, достаточно подтянуть латы и складки уйдут. Но сначала надо с набивкой по мачте разобраться.

То, что мачта с трудом дошла до топа это нормально, у многих парусов плотные мачткарманы вверху, главное проследить, чтобы в итоге верх мачты сел точно в заглушку, а не криво как нибудь.

Никаких "со временем" тут не существует. Как парус встал сейчас так и дальше будет вставать.