О каких секундах идет речь при выдержке 1/1000? Проблема медленного автофокуса касается прежде всего наведения этого автофокуса в первом кадре серии. Собственно кнопка спуска затвора в первом положении, устанавливается автофокус и включается следящий режим, второе положение срабатывание затвора и съемка серии идет уже в автоматическом режиме. Частота кадров камеры учитывает скорость автофокуса. Скорость автофокуса от 1/3 до 1/15 сек, в зависимости от типа камеры.

Если сильно поспешить нажимать на кнопочку камеры, то запросто можно и обогнать срабатываение автофокуса, т.к. автофокус не успел навестись, а уже сработал затвор.