Курс считаем от чего хотим.
Но обычно курс считаем от истинного ветра.
Курс - это положение судна относительно ветра.
И раз есть и вымпельный ветер, значит можно считать и от него.
Тем более что это помогает понять, почему при бакштаге иногда надо парус класть гиком на доску.